Als die Kapuziner nach dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 wieder nach Münster zurückkehrten, konnten Sie nicht zurück in ihr ursprüngliches Kloster, der heutigen Ägidiikirche. Sie bekamen ein neues Grundstück ausserhalb der Stadt hinter dem Neutor. Dort wurde zunächst ein kleines Kloster errichtet. Während des Kulturkampes mussten die Kapuziner auch das neue Kloster um 1871 wieder verlassen, konnten aber gen Ende des 19. Jahrhunderts schon in das Haus vor dem Neutor zurückkehren. Bald darauf wurde das Kloster in Münster zum Ausbildungs- und Studienhaus für die damalige Rheinisch-Westfälische Provinz. Durch den Zustrom der jungen Brüder wurde das Haus schnell zu klein und musste erweitert werden.
Aber nicht nur das Haus wurde zu klein, auch der Garten, der für den Hausbau verkleinert werden musste, reichte nicht mehr aus. Daher wurde das östlich angrenzende Flurstück dazu gekauft und zum Klostergarten umgewandelt. Der Garten wurde bis zum Jahr 2015 von den Brüdern bewirtschaftet und diente der Versorgung des Hauses mit Obst und Gemüse.
Als der letzte Kapuzinergärtner Br. Konrad Zanger im Jahr 2015 im Alter von 78 Jahren in seine Heimat den Schwarzwald versetzt wurde, um sich in Zell am Harmersbach eines kleineren Gartens anzunehmen, mussten die Brüder in Münster schauen, wie es mit ihrem Garten weitergehen kann.
"Was tun mit dem Garten?" war die Frage nach dem Weggang von Br. Konrad. Schnell war klar, dass der Garten in seiner Größe und Lage einen kleinen Schatz darstellt, den es zu heben galt. Doch wie und wer soll das alles tun? Die Brüdergemeinschaft vor Ort hat nicht mehr die Brüder, die den Garten hätten weiterführen können, daher galt es Partner mit ins Boot zu holen.
Die Alexianer-Werkstätten mit ihrem Garten- und Landschaftsbau waren die ersten im Boot, die die tägliche Pflege und auch Umgestaltungen übernommen haben.
Ein solcher Garten, das war in vielen Gesprächen deutlich geworden, bietet aber noch mehr Chancen. Das franziskanische Anliegen der Bewahrung der Schöpfung kann hier lebendig gemacht und auch einem größeren Publikum nahe gebracht werden. Auch das war nur mit Partnern zu erreichen.
Anfangs 2016 trafen sich die ersten Interessierten. Aus diesem Kreis entstand die Interessensgemeinschaft Kapuzinerklostergarten Münster, die aus den Alexianer-Werkstätten, dem Institut für Theologische Zoologie, dem Institut IUNCTUS, den Kapuzinern und dem Naturschautzbund Münster und NRW bestehen.
Auch konnten in den weiteren Jahren Förderer gewonnen werden. Die Stiftung Umwelt und Entwicklung NRW und die Stiftung Landwirtschaftsverlag Münster. Zusammen mit der Deutschen Kapuzinerprovinz unterstüzen sie unterschiedliche Aspekte des Projekts.
Nach Jahren der Umgestaltung und der inhaltlichen Vorbereitung wurde der Garten am 13. April 2018 der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.